Das rotgefärbte Dummy-Plug System dient als eine Art Ersatzsystem für den Entry-Plug und wird normalerweise parallel zu diesem in EVA intergriert. Die ersten Testmodule wurden zunächst den EVA-Einheiten 00 und 01 installiert, um einen notwendigen Ersatz für die Piloten zur Verfügung zu haben. Im Dummy-Plug werden Klone von Rei als Ersatzpiloten verwendet, die mit den EVAs synchronisieren können. Der Plug imitiert mit Hilfe des Klons den neuralen Impuls eines menschlichen Piloten und sendet diese als Befehl an EVA weiter, um das Vorhandensein eines Piloten vorzutäuschen. Der einzige Nachteil ist, daß in diesem Fall wegen dem Nicht-Vorhandensein der Seele eines Piloten kein A.T. Field erzeugt werden kann.

Der erste Einsatz des Dummy-Plugs geschah beim Kampf gegen den 13. Engel Bardiel, als der Pilot Shinji Ikari den Einsatzbefehl zur Eliminierung des Engels verweigerte. Daraufhin wurden dessen A-10 Nervenverbindungen zu EVA-01 gekappt und der Dummy-Plug aktiviert. Auch wenn 32,8% der Daten und der emotionale Faktor unklar waren, vernichtete dieser ohne zu zögern den Engel und richtete einen Blutbad an, da es ohne jegliches Gefühl handelte. Das Dummy-Plug System war in einem Teststadium und funktonierte zu diesem Zeitpunkt noch nicht 100% zuverlässig. Manchmal lehnte EVA die Aktivierung eines Dummy Plugs grundlos ab. Nachdem die Reiklone zerstört wurden, mußte die 1. Generation des Dummy-Plug System aufgegeben werden. Die weiterentwickelte 2. Generation beinhaltet stattdessen Klone von Kaworu Nagisa und wird bei der EVA-05 Serie eingesetzt, da man diese Dummy-Plugs als zuverlässiger und sicherer einstuft als menschliche Piloten.