Das Marduk-Institut ist ein von NERV gegründetes Schein-Institut ! Dieses Institut soll anhand von Tests weitere Taugliche 14-Jährige suchen die als EVA-Piloten in Frage kommen. Nach außenhin scheint das Institut eine unabhängige Einrichtung zu sein aber um dies zu bezwecken werden über 100 Scheinfirmen von NERV aufrecht erhalten.

Spion Kaji Ryouji geht dieser Sache nach und lüftete dieses Geheimnis,kurz danach wurde er von einen Unbekannten erschossen.