Die Organisation NERV gehört offziell den Vereinten Nationen (UN) an. Die UN hat in Wirklichkeit keinerlei Einfluss auf die Organisation NERV, denn die Organisation untersteht nur dem Befehl des SEELE-Komitees. Nerv ist aus der Forschungsgruppe GEHIRN hervorgegangen, das Hauptquartier liegt in Hakone, Japan. Das Hauptquartier ist unter Neo Tokyo-3,innerhalb der Geo Front. Das Hauptquartier ähnelt einer schwer geschützten Pyramide. In den Vereinigten Staaten liegen NERV-01 und 02, während NERV-03 sich in Deutschland befindet. In den G-7 Ländern sowie Russland und China sind weitere Zweigstellen der Organisation verteilt.

-Identifizierung, Erforschung und Vernichtung der Engel
-Primär Ziel ist die Verhinderung eines Third Impacts
-Um die Engel zu besiegen werden als Hauptwaffe die EVAs eingesetzt
-Diese Aktionen unterliegen der strengsten Geheimhaltung

-Trifft wichtige taktische Entscheidungen und kümmert sich um die Kontakte zur japanischen Regierung und der UN
-Der Standpunkt der Kommandozentrale befindet sich im Central-Dogma, von dort werden alle EVA-Einsätzpläne ausgeführt

Kommandant: Gendo Ikari
Vize-Kommandant: Professor Kozou Fuyutsuki

-Analysierung der Engel
-Informationen der Forschung werden für die Entwicklung neuer EVA-Waffen genutzt
-Reperatur der EVAs

Leiterin: Dr. Ritsuko Akagi

-Entwickelt Taktiken und Strategien für den Kampf gegen die Engel
-Alle Abwehreinrichtungen in Neo Tokyo-3 unterliegen dieser Abteilung

Leiterin: Misato Katsuragi

-Spionage, Anti-Spionage und Anti-Sabotage Aktionen
-Children rund um die Uhr beobachten und in Notfällen einzugreifen
-Der Geheimdienst untersteht den Befehlen von Gendo Ikari und Professor Kozou Fuyutsuki.

Verwaltungsabteilung,Untersuchungsabteilung,Sicherheitsabteilung,PR-Abteilung